La Oficina de Auditoría Interna fiscaliza las unidades administrativas y dependencias municipales, de manera que los trabajos sean efectuados conforme a las reglamentaciones federales o estatales aplicables.
Se ofrece asesoría al Alcalde sobre posibles señalamientos presentados por la Oficina del Contralor de Puerto Rico o de cualquier otro informe de auditoría, además ofrece el asesoramiento necesario a los directores de dependencias sobre las acciones que se deben tomar para corregir cualquier señalamiento recibido (Plan de Acción Correctiva).
Fiscaliza la adquisición, el uso y la disposición de la propiedad municipal. (La fiscalización consiste en realizar auditorías de las transacciones municipales para determinar la legalidad y conformidad con leyes, normas, procedimientos y reglamentaciones aplicables en el Gobierno Municipal de Naranjito).